ZŠ pri NsP v Skalici bola založená v roku 1962 s dvomi triedami ZŠ. Triedy boli umiestnené na detskom a chirurgickom oddelení. V roku 1973 sa škola rozšírila o oddelenie školského klubu, čím sa zabezpečila prevádzka aj v poobedňajších hodinách. V roku 1975 pre zvýšený počet hospitalizovaných detí bola otvorená tretia trieda. Vyučovanie prebiehalo v triedach, iba na infekčnom oddelení sa vyučovalo pri lôžkach. Na základe podnetu detského oddelenia, na ktorom sú aj deti predškolského veku, sa v roku 1992 zriadila trieda MŠ. Od založenia školy v nej pôsobili mnohí pedagógovia.
Priestory nemocnice sa postupne rekonštruujú, reformami v zdravotníctve i populačnou tendenciou sa počet detí i počet dní hospitalizácie znižuje, takže v roku 1995 sa škola zredukovala na 2 triedy ZŠ, 1 oddelenie ŠKD a 1 triedu MŠ. V roku 1997 sme nadobudli právnu subjektivitu, na polovičný úväzok sme mali aj ekonomickú silu.
Na základe reštrukturalizácie bola naša škola dňa 1. januára 2008 priradená ku Spojenej škole Skalica ako jej organizačná zložka. Z tohto dôvodu sa škola zredukovala do dnešnej podoby: 1 trieda ZŠ a 1 oddelenie ŠKD.